Po nešťastné bělohorské bitvě Jan Amos Komenský musel opustit Fulnek na Moravě, kde byl dozorcem školy a kazatelem bratrského sboru. Když bylo 20. října 1621 z Vídně nařízeno vypovídání nekatolických kněží, Komenský se musel skrývat na různých místech. Po krátkém pobytu v Přerově, kde zanechal svoji rodinu, se uchýlil pod ochranu Karla st. ze Žerotína do Brandýsa nad Orlicí. Tady však ho stihla zpráva, že jeho rodina v r. 1622 v Přerově zahynula během morové epidemie.
V severovýchodních Čechách v tu dobu slídili jezuité z Jičína a Hradce Králové po českobratrských kněžích a kazatelích. Proto Komenský se musel neustále skrývat. Měl k tomu také i osobní důvod. Jeho tchán, otec jeho druhé manželky, Jan Cyrill byl českobratrským seniorem, který spolu s Jiřím Dikastem, administrátorem konsistoře pod obojí, společně v r. 1619 korunovali Fridricha Falckého za českého krále.
Z Brandýsa nad Orlicí se Komenský později uchýlil do Podkrkonoší. Tady v březnu 1625 v Doubravici na schůzce českobratrských kněží u seniora církve Václava Roha byl Komenský pověřen vyhledat někde v Polsku útočiště, kam by se mohli uchýlit jeho souvěrci prchající z Čech. Komenský splnil úkol, kterým ho Jednota pověřila, a po svém návratu do Čech se skrýval s manželkou a tchánem v Bílé Třemešné u Jana Sádovského ze Sloupna, bývalého hejtmana královéhradeckého kraje, který byl za svoji účast v proticísařském odboji potrestán částečnou konfiskací majetku. Mohl však zůstat na svém zboží jen jako lenní pán. V tu dobu v Bílé Třemešné byla ještě většina obyvatel nekatolíků, knězem a učitelem tří synů pana Sádovského byl Jan Stadius.
V nedaleko ležící podhorské obci Horní Branné na panství Václava Záruby z Hustiřan se shromažďovala také malá skupina českých bratří připravující se na odchod z vlasti. Dělo se tak pod záštitou manželky majitele panství paní Angeliny Zárubové. Tato paní na branském zámku byla vlastně cizinkou, ale měla veliké sympatie k českým bratřím a podle svých možností jim pomáhala před pronásledováním.
Pod její ochranou byla také od října 1627 na branském zámku sedmnáctiletá Kristina Poniatovská z Duchnice, původem Polka. Její otec Julius Poniatovský byl knězem a knihovníkem Žerotínů a svěřil svoji dceru paní Zárubové. O její duchovní péči se staral Jan Stadius, který byl v Bílé Třemešné.
Kristina Poniatovská trpěla duševní chorobou, jejíž první záchvat se dostavil 12. listopadu 1627, prý po zhlédnutí komety nad branským zámkem. Psychóza se projevovala poruchami vnímání a vědomí, na základě kterých Kristina prorokovala budoucnost. Záchvat vypadal hrozivě, a proto paní Zárubová k ní povolala lékaře Michala Libavia z Hostinného, který po vyšetření označil chorobu za velmi vážnou. To byl důvod, aby paní Zárubová poslala do Bílé Třemešné pro kněze Jana Stadia. Avšak ten v té době nebyl v Třemešné. Proto do Horní Branné přijela paní Sádovská spolu s Janem Amosem Komenským, který se ostatně také znal s otcem postižené dívky. Oba na saních dorazili do branského zámku 23. listopadu. Tady Komenský byl svědkem několika záchvatů nemocné dívky. Za několik dní sem také přijel kněz Jan Stadius a paní Sádovská s Komenským se vrátili do Bílé Třemešné.
Avšak stav Kristiny se stále horšil a byly obavy, že dojde k nejhoršímu. Proto 13. ledna 1628 Komenský znovu přijel na branský zámek, tentokrát s panem Sádovským. Komenský pilně sledoval a zapisoval si věštby nemocné dívky. Byl tehdy v situaci, kdy se chytal všeho, a proto i přes některá varování věřil proroctvím nemocné, stejně tak jako jiným prorokům. Politická situace byla v zemi pro České bratry stále horši a exil se ukazoval jako jediné východisko. Stále však v nich doutnala jiskřička naděje, kterou spatřovali ve frýdlantském vévodovi, hlavně v jeho stycích se Švédy. Ostatně viděli také, že ve věcech víry u svých poddaných byl tolerantní. Více ho zajímal výnos z panství než to, v co jeho poddaní věřili. Proto Komenský byl znepokojen proroctvím Kristíny o neblahé budoucnosti Valdštejna a schválil jeho varování dopisem.
Avšak cesta Kristiny Poniatovské a obou šlechtičen, Sádovské a Zárubové do Jičína se nesetkala s úspěchem. Dokonce jim hrozilo zatčení. Proto krátce nato 1. února 1628 Jan Amos Komenský odejel z Bílé Třemešné se svou rodinou a skrovným majetkem na branský zámek. Spolu s ním cestovala rovněž Kristina Poniatovská, kterou Komenský přijal do své rodiny jako schovanku. Ve Branné už na ně čekala skupina několika ustrašených členů Jednoty českých bratří, netrpělivě čekajících na odchod ze země. Ze Branné pak celá výprava nastoupila cestu do exilu. Muži jeli na koních, ženy a děti na saních. Jejich cesta vedla přes Černý Důl, Janské Lázně, Svobodu nad Úpou, Mladé Buky, Kalnou vodu a Babí. Odsun uprchlíků se dál rychle a pokud bylo možno také tajně. U Žacléře se výprava spojila se skupinou pana Sádovského a všichni společně překročili hranice do tehdejšího Slezska, nynějšího Polska. Celá výprava 8. února 1628 dorazila do Lešna.
Lidová tradice si někde tento odchod “upravila” podle svého. Odchod Komenského a jeho přátel se neuskutečnil přes Žalý, kde v tu dobu bylo množství sněhu a žádný přechod, nýbrž výprava ze Branné se musela spojit se skupinou pana Sádovského, protože on byl velitelem odsunu. Komenský se svými souvěrci se s otčinou neloučil na nějakém “růžovém paloučku”, ani si členové výpravy nebrali s sebou hrst rodné půdy, alespoň se Komenský nikde ve svých spisech o tom nezmiňuje. Byli to vlastně chudáci, psanci, kteří ze strachu před týráním v rakouských věznicích ve vší tichosti museli rychle opustit svou zem. Vždyť už dlouhou dobu před tím se vlastně museli jenom neustále skrývat, aby je někdo neudal. Proto také je smyšlené tvrzení, že by Komenský veřejně někde venku, třeba pod starým dubem za branským zámkem, kázal. Vždyť ostatně právě v době jeho pobytu ve Branné byly spousty sněhu a byla krutá zima. Určitou pochybnost máme také o tom, že by Komenský chodil kázat do sousedních Valteřic. Nešťastný Komenský měl v době svého krátkého pobytu ve branském zámku jiné veliké starosti. Odpovídal za odchod určité skupiny emigrantů, zdržoval se neustále v blízkosti Kristiny Poniatovské, aby si mohl zapisovat její věštby. Všechny pak podrobně vylíčil v některých svých spisech vydaných v Holandsku.
Podle Pamětní knihy obce Branné Jan Ámos Komenský v branském zámku prý obýval pokojík v přízemí západní části. Kardinál a pražský arcibiskup Arnošt z Harrachu, když se stal správcem panství za nezletilého Ferdinanda Bonaventuru hraběte z Harrachu, prý rozkázal vytrhat a spálit podlahu tohoto pokoje, aby se z něho nemohl kacířský mor šířit do okolí!
Na paměť Jana Ámose Komenského byl v září 1957 v branském zámku zřízen jeho památník a v průčelí zámku byla zasazena pamětní bronzová deska od akademického sochaře Karla Pešata z Jablonce nad Nisou. Památník je častým místem návštěv pedagogů, našich i zahraničních turistů.
Od roku 1999 je zde jedna místnost věnována spisovateli, malíři, učiteli Josefu Šírovi, který se v Horní Branné narodil v roce 1859.