Katolická teologická fakulta je historickou součástí Karlovy univerzity, jejíž počátky sahají do roku 1348, a měla opět předchůdkyni ve škole při svatovítské katedrále, takže opravdu můžeme mluvit o tisícileté tradici pražského teologického studia.
Církevní školství má úctyhodnou minulost. Již sv. Augustin a sv. Eusebius z Vercelli shromažďovali kolem sebe mladé žáky a připravovali je na duchovní dráhu; v době karolínské biskup Chrodegang doporučoval biskupům a opatům, aby při katedrálách a klášterech zřizovali školy pro budoucí klérus, a diecézní obecné církevní sněmy vyžadovaly opětovně jako podmínku svěcení určitý stupeň vzdělání. Graciánovo Decretum i pozdější papežské dekretálky podávají o tom řadu dokladů. Základním požadavkem bylo umění číst a psát, znalost církevního zpěvu a znalost latinské gramatiky k porozumění Písmu svatému a rétoriky pro kázání. Mimoto klerik musel umět udělovat svátosti (v čemž je zahrnuta penitenciální praxe) a sestaviti si pro každý církevní rok kalendář (tzv. computus). Před svěcením se kandidát podrobil zkoušce. Kanovník - kantor jej zkoušel ze zpěvu (liturgie byla většinou zpívaná) a kanovník - scholastik z literatury, tj. z ostatních vědomostí. Podle ustanovení 3. a 4. koncilu lateránského měla býti při a všech katedrálách prebenda pro mistra svobodných umění, který by zdarma vyučoval kleriky a chudé studenty (praefectus clericorum) a při metropolitních chrámech měla býti zřízena prebenda pro kanovníka, který by kleriky a kněze učil Písmu svatému a základům duchovní správy. Tento kanovník (canonicus theologus nebo scholasticus) býval ředitelem školy.
Jestliže již v misijním období našich dějin se slovanští i latinští kněží věnovali přípravě kněžského dorostu, tím více toho bylo třeba, když r. 973 Čechy dostaly vlastní církevní organizaci. Škola při pražské katedrále zahájila činnost hned po zřízení biskupství. První pražští biskupové byli vybíráni z příslušníků benediktinského řádu, který na vzdělání kladl velký důraz, proto dbali, aby jejich katedrální škola měla úroveň. Svědčí o tom zpráva, že v letech 1008-1018, tedy pouhých 35 let po zřízení biskupství, působil v Praze slavný mistr Hubald z Lutychu. Reforma katedrální kapituly, provedená v letech 1068-1098 učeným proboštem Markem, se týkala v nemalé míře i školy. Přítelem prvního českého kronikáře, kapitulního děkana Kosmy, byl ředitel školy, kanovník a arcikněz Gervasius; měl titul magister. Titul scholastika se v Praze vyskytuje ponejprv r. 1203 a pravidelně od r. 1234. Z toho roku se zachoval náhodný pohled do života žáků pražské katedrální školy. Podle starého zvyku vpadli žáci, oslavujíce svátek Mláďátek, v rozpustilém průvodu - s tichým souhlasem biskupa a kapituly - do břevnovského kláštera a řádili tam takovým způsobem, že opat si na ně stěžoval papeži Řehoři IX. Ten nařídil, aby škoda byla nahrazena, a podobné „návštěvy kláštera zakázal, ale žáci pořádali rozpustilé výpravy do kláštera i později, až se břevnovský opat r. 1267 rozhodl vyplácet jim raději jako výkupné od pustošení kláštera věrduňk stříbra. Jednání jménem biskupa, kapituly i žáků vedl tehdy kapitulní děkan Vít, velký přítel a dobrodinec kněžského dorostu a reformátor liturgického zpěvu a liturgie při pražské katedrále. V bouřlivém roce 1248 pražské katedrální studium zaniklo, ale za vlády Přemysla Otakara II. bylo obnoveno a znamenitě se povzneslo. Kolem roku 1271 tu působili tři rodilí Češi: mistři Očko a Bohumil přednášeli gramatiku a logiku, mistr Řehoř z Valdeka, pozdější pražský biskup, vykládal přírodovědecké spisy Aristotelovy (De natura). Dobře bylo postaráno i o potřebné knihy. Biskup Daniel, provázející knížete Vladislava na výpravě císaře Fridricha Barbarossy proti Milánu, poručil kanovníkovi Vincencovi, aby koupil Decreta a jiné knihy, kapitulní děkan Vít pořídil mimo liturgické knihy i mnoho homiletických (sermones). Svou úrovní připomínala tedy svatovítská škola již skutečné „studium particulare . Proto přitahovala i studenty z okolních zemí. Studoval na ní např. budoucí admontský opat Engelbert a pozdější bavorský kronikář a opat Fürstenfeldského kláštera Volkmar. Velkým příznivcem vědy, zvláště vědy teologické, byl král Václav II. Ačkoliv se mu vlastního školského vzdělání nedostalo, dohonil všechno později díky své dobré paměti a nashromáždil si bohaté vědomosti. Zbraslavský kronikář o něm vykládá, že uměl celé části Písma svatého nazpaměť, rád se zablýskl svými teologickými vědomostmi, živě disputoval s učenými teology, ano často je uvedl do rozpaků. Byl však zběhlý i v jiných vědeckých oborech a jako s teology o Písmě, rozmlouval s juristy o jejich právnických případech a s lékaři o léčebných prostředcích, a to odborně: „cuilibet in terminis suae facultatis alludendo quaestiones apposuit - každému v termínech jeho nauky narážkami předkládal otázky . Není divu, že v mysli takového krále vznikl plán založit skutečné učení se všemi výsadami po vzoru generálních studií západních. Okolnosti však byly silnější nežli král a teprve císař Karel IV. r. 1348 tohoto cíle dosáhl.
Karel IV. dostal od papeže Klimenta VI. svolení, aby univerzita, již hodlal v Praze založit, byla úplná, tj. aby měla i teologickou fakultu. Byl to od Klimenta VI. vůči jeho bývalému žáku zvláštní projev přízně, protože avignonští papežové, zcela oddaní francouzským zájmům, žárlivě střežili teologický monopol pařížské Sorbonny. Měla-li ovšem nová fakulta teologická držet krok s pařížskou a s jinými teologickými fakultami západoevropských univerzit, musel panovník pro ni opatřit schopný profesorský sbor, a to nebyla malá starost. Zhostil-li se tohoto úkolu úspěšně, vděčil za to do značné míry řeholním generálním studiím, jež v pražských klášterech tehdy existovala (generální studium dominikánské u sv. Klimenta, minoritské u sv. Jakuba a augustiniánské u sv. Tomáše) nebo později byla založena (generální studium karmelitánské u P. Marie Sněžné a cisterciácké v koleji sv. Bernarda). Řeholní lektoři Jan Moravec OP, Jan z Dembachu OP, Vojtěch Bludův OFM a Mikuláš z Loun OESA se stali prvními profesory teologické fakulty. Řeholníci obsazovali z počátku i katedru, kterou při kostele svatovítském zřídil arcibiskup Arnošt z Pardubic. Normální působení fakulty bylo umožněno teprve zřízením univerzitních kolejí. R. 1365 založil rakouský vévoda Rudolf univerzitu ve Vídni a ta, třebas zatím postrádala teologické fakulty, znamenala pro Prahu vážnou soutěž. Polekaný panovník založil proto hned následujícího roku (1366) kolej, nazvanou po něm Collegium Carolinum. Kolej byla zřízena pro dvanáct profesorů a byla spojena s jiným ústavem Karlovým (z r. 1342), s kolejí Všech svatých, s tím, že její kanovnická místa byla na příště vyhrazena členům Karolina. Podle panovníkova přání měli všichni kolegiáti Karolina studovat teologii a dva z nich měli již mít teologické akademické grady a konat z teologie přednášky. Nové, dříve netušené možnosti a zisky přinesl teologické fakultě rok 1378. Velké západní schizma rozdvojilo křesťanstvo, a protože Francie se přidržela vzdoropapeže Klimenta VII., čeští a němečtí profesoři z Paříže odešli. Mnozí z nich přesídlili do Prahy a arcibiskup Jan z Jenštejna rozradostněný, že „z loupení Francie obohatí Čechy , pohnul krále Václava IV., že založil další kolej nazvanou po něm Collegium regis Venczeslai, a opatřil také Karolinu krásnou budovu uprostřed města. Bohužel však arcibiskup Jan z Jenštejna upadl u krále v nemilost právě v době, kdy potřeboval jeho podpory, aby univerzita zvládla všechny úkoly na ni kladené. Cizinci, kteří přišli z Paříže, nebyli spokojeni s dosavadními výsadami a domáhali se nových, a to na úkor živlu domácího: tomu hrozilo vytlačení z nejlepších profesur propůjčovaných v kolejích. Češi se tomu vzepřeli a dožadovali se pomoci arcibiskupovy, Němci se proti arcibiskupovi jakožto kancléři univerzity odvolali do Říma. Spor byl posléze urovnán kompromisem. Čechům bylo v kolejích přiznáno pět profesur, cizincům šest a v obsazování dvanácté profesury se měli všichni střídat. Toto narovnání cizince neuspokojilo a dosti jich odešlo hned roku 1385 do Vídně na nově zřízenou a bohatě dotovanou teologickou fakultu. R. 1386 založili většinou pražští mistři univerzitu v sídle falckého kurfiřta v Heidelberku, o dva roky později odešli někteří profesoři na nově zřízenou univerzitu do Kolína nad Rýnem, další r. 1392 do Erfurtu. Konečně r. 1400 polský král Ladislav Jagiello s vydatnou pomocí pražských profesorů založil univerzitu v Krakově a zbytek cizinců opustil Prahu po vydání dekretu kutnohorského r. 1409 a založil univerzitu v Lipsku. Tak se stalo, že po počáteční převaze cizinců na Karlově univerzitě a její teologické fakultě (z nejvýznačnějších uveďme aspoň Heinricha Tottiga z Oyty, Konráda ze Soltau, Jana z Waes, Heinricha Perchinga, Matouše z Krakova, Jana Marienwerdera, Alberta Engelschalka, Mikuláše Magni z Javora, Matěje z Lehnice, Mikuláše z Kubína, Jana Isnerova, Jindřicha z Bitterfeldu OP, Jana ze Soestu OP, Jana Klenkoka OESA, Jana z Brakel OESA, Matouše ze Zbraslavě OCist) přibývalo Čechů (Jenek Václavův, Mikuláš Biceps OP, Fridman z Prahy, Mikuláš z Litomyšle, Jan z Mýta, Matěj z Janova, Mikuláš Rakovník, Štěpán z Kolína, Petr ze Stupna, Petr ze Znojma), až nakonec český živel zcela převládl (Jan Eliášův, Stanislav ze Znojma, Ondřej z Brodu, Štěpán Páleč a nejmladší generace v čele s Janem Husem).
Předpokladem teologického studia bylo absolvování fakulty artistické. Studium teologie trvalo 12 let. Pro nejnižší akademický gradus byl předepsán věk 25 let, pro licenciát 30 let a pro doktorát 32 let, ale ve skutečnosti kandidáti dosahovali těchto hodností pro rozmanité příčiny ve věku značně vyšším. Když posluchač navštěvoval šest let přednášky o Písmu sv. a o Lombardových knihách Sentencí, byl připuštěn jako cursor biblicus k dvouletému výkladu Písma sv. a když se dalším studiem připravil k výkladu Lombardových Sentencí a dvě léta je vykládal, dostal titul baccalarius formatus. Těchto hodností nezískával kandidát nějakou zkouškou, nýbrž podle dobrého zdání profesora - promotora. Jako v řemeslnickém cechu ručil mistr za tovaryše, že se důkladně vyučil řemeslu, a na základě jeho úsudku přijímal ho cech za mistra, tak profesor, který kandidáta a jeho vědomosti dobře znal většinou s ním v koleji bydlil, disputoval s ním a dozíral na způsob jeho života - jej navrhoval k biblickému kursu a k čtení o Sentencích profesorskému sboru, a ten o návrhu rozhodoval. Pak nastalo další studium, pravidelná účast na disputacích a plnění dalších povinností, jmenovitě činnost kazatelská, a to pod stálým dohledem profesora promotora. Veškerá omezení veřejné činnosti a dozor mistra promotora přestávaly teprve licenciátem. Teprve ten, kdo dosáhl hodnosti licenciátu, se stával plnoprávným členem fakulty. A opět nedosahoval tohoto gradu zkouškami, nýbrž usnesením fakultního sboru a slavnostní promocí. Kdo chtěl získat hodnost doktora teologie, musel se ještě podrobit dvěma složitým disputacím, načež mu byl odevzdán doktorský biret. Protože však dosažení doktorské hodnosti bylo velmi nákladné, kandidáti se většinou spokojovali licenciátem, který jim skýtal všechna práva doktorů s výjimkou univerzitní profesury.
Hlavním předmětem studia bylo Písmo svaté. Bakalář kursor měl za úkol během dvou let vyložit 80 kapitol z Písma, při čemž se mělo dbát, aby bakaláři postupně vyložili celé Písmo svaté. Výklad měl být přehledný („non extense litteras dividendo vel exponendo ), hlavní důraz kladen na smysl alegoricko-morální a výkladu vždy předcházela chvalořeč na Písmo svaté (recommendatio Scripturae). Jako příklad takového kursorického výkladu můžeme uvést výklad listů sv. Pavla od Ondřeje z Brodu nebo výklad kanonických listů a žalmů 109-118 Jana Husa. Mistři teologie psali výklady obšírnější, vplétajíce do nich celé teologické kvestie. Pověstný byl v tom směru Heinrich z Langensteinu, který vykládal první čtyři kapitoly Genese třináct let. Výklad evangelia sv. Matouše od Petra ze Stupna má 300 folií. Kromě toho napsali pražští mistři řadu výkladů Otčenáše, Pozdravení andělského, Desatera, umučení Páně apod.
Výklad každé ze čtyř knih Lombardových Sentencí byl zahajován (principium) chvalořečí na moudrost a pravdu Boží obsaženou v Písmě svatém a v přednášce samé položil sentenciář určitou kvestii, o níž disputoval s jinými sentenciáři, svými „konkurenty . Tiskových výkladů se z pražské teologické fakulty zachoval větší počet, ale byl vydán pouze výklad Husův a jinak pozornost byla věnována (nikterak uspokojivě) vynikajícímu komentáři dominikána Mikuláše Bicipita a částečně komentářům Jana Klenkoka OESA a Konráda z Ebrachu Ocist. Ostatní výklady čekají teprve na prozkoumání. Důležitou součástí povinností akademických funkcionářů, bakalářů i mistrů, byla činnost kazatelská. Kázávalo se pravidelně o nedělích a svátcích, o vigiliích velkých svátků, ve všedních dnech doby postní, v týdnu velikonočním a svatodušním, v kvatembrových dnech, při zádušních mších za zemřelé členy univerzity a o významnějších výročích, zejména o úmrtním dnu zakladatele univerzity (29. listopadu), a to v kostelech řeholí, jež měly generální studia, dále v kostele sv. Havla poblíž Karolina a v katedrále svatovítské. Co do formy kázání představovala typ vyšší homilie, tj. nezabývala se celou perikopou, nýbrž jedním nebo dvěma verši. Často bývali univerzitní mistři zváni jako kazatelé na synody, které se konaly od doby arcibiskupa Arnošta z Pardubic dvakrát ročně - o sv. Vítu a o sv. Lukáši. Synodálních promluv pražských mistrů se zachovalo dodnes přes třicet.
Kazatelská činnost nutila mistry, aby se hlouběji zamýšleli nad úpadkovými zjevy v církevním životě a hledali cestu k nápravě. Projevem takových snah je reformní spis Matouše z Krakova De squaloribus curiae Romanae, nemilosrdně odhalující nepořádky v papežské kurii, a dílo De regulis Veteris et Novi Testamenti, v němž jeho autor Matěj z Janova staví proti sobě pravé a falešné křesťanství, ukazuje, jak je třeba obojí rozlišovat, a udává prostředky k zachování pravého křesťanství (jmenovitě časté přijímání eucharistie). Reformní ráz mají i teologické disputace zabývající se dovoleností úroků, nespravedlností od úmrtí a jinými praktickými časovými otázkami. Třebas kritika soudobých zlořádů byla velmi ostrá, nevybočovala z rámce církevní nauky a kázně. Podstatná změna nastala, když počátkem 15. století nastoupila nová univerzitní generace, která se přidržovala filosofického realismu, protože si od něho slibovala účinnější podporu ve svých snahách o nápravu soudobých poměrů. Převratná nauka o církvi a státu, kterou hlásal hlavní představitel realismu anglický mistr John Wiclif, plně zaujala jeho české stoupence. Wiclif však byl veliký logik a promyslil svou filosoficko-teologickou soustavu tak důsledně, že nebylo možno z ní eklekticky vybírat a pokoušet se smiřovat některé teze s naukou církve. Proto mezi stoupenci Wiclifovými a jejich odpůrci, k nimž patřili všichni doktoři teologické fakulty, docházelo k stále ostřejším srážkám, až r. 1413 král Václav IV. čtyři doktory bohosloví zbavil úřadu a vypověděl z království a Husovi nařídil, aby odešel z Prahy. Protože brzy potom první vypovězené doktory (Stanislava a Petra ze Znojma, Štěpána Pálče a Jana Eliášova) následovali i ostatní čtyři jejich kolegové (Ondřej z Brodu, Heřman z Mindelheimu, Mařík Rvačka a Jan Hildessen) a protože ani Hus ani žádný z jeho přátel doktorát teologie neměli, teologická fakulta přestala existovat. Stanislav ze Znojma zemřel na cestě do Kostnice, Štěpán z Pálče s Maříkem Rvačkou vynikli jako reformní kazatelé na kostnickém koncilu a pak se uchýlili do Polska, Ondřej z Brodu zemřel jako profesor univerzity v Lipsku, Heřman z Mindelheimu byl husity usmrcen a o ostatních profesorech není zpráv.
Bohoslovecká fakulta nebyla obnovena ani po skončení husitské revoluce. Ojedinělé teologické přednášky na artistické fakultě ji nemohly nahradit a pokusy vůdce utrakvistů M. Jana z Rokycan vyškolit si učitelské síly v cizině selhaly. Jeho svěřenci, kteří odcházeli na italské univerzity, se vraceli jako odpůrci kalicha. Katolický klérus docházel vzdělání na obnovené katedrální škole svatovítské. Po roce 1436 působil tam jako profesor někdejší žák artistické fakulty M. Prokop z Kladrub, který získal doktorát teologie v Lipsku, později M. Václav Křižanovský.
Hlubší a soustavné studium bohosloví bylo umožněno teprve počátkem 2. poloviny 16. století, když se v Praze v bývalém dominikánském klášteře sv. Klimenta usadili jezuité a zřídili si tam filosoficko-teologickou akademii, jež dostala právo promoční. Bohoslovecké studium trvalo čtyři léta a dosti dlouho je obstarávali dva, nejvýše tři profesoři. Vykládali Písmo sv. podle Vulgáty se zřetelem k textu hebrejskému a řeckému, dogmatiku podle Petra Lombarda a sv. Tomáše Aquinského, pokud se s nimi jezuité snášeli, později podle učebnice Suarézovy, a mimo systematickou dogmatiku podávali také návod, jak obhájit dogmata proti jinověrcům (polemika). Morálka jako samostatný předmět se připomíná teprve od roku 1600; až do té doby byla pouhou kazuistikou a jejím předmětem bylo jednak to, co je dnes jen částečným oborem mravouky, jako výklad Desatera a povinností stavovských, jednak liturgická část pastorálky o svátostech. Že ani hebrejština, řečtina a jiné orientální jazyky nebyly zanedbávány, svědčí to, že se s nimi setkáváme i při disputacích. Disputace byly konány s velikým leskem a značně zvýšily prestiž i oblibu ústavu. Z profesorů vynikli Jindřich Blyssemius, první doktor teologie z jezuitského řádu vůbec, Ondřej Pěšín, Baltazar Hostouňský a duchovní odpůrce Jednoty bratrské Václav Šturm.
Za českého povstání museli sice jezuité Prahu opustit, ale hned po bitvě bělohorské se vrátili a roku 1622 převzali správu celé univerzity. V oboru teologickém zůstalo celkem všechno při starém, jenom kontroverzní teologie byla přednášena jako samostatný předmět. Jezuité si dali velmi záležet na tom, aby pro teologickou fakultu získali dobré učitele. Nejznamenitější tehdejší německý teolog Adam Tanner, který již roku 1619 napsal pro jezuity vypuzené z Čech apologii, byl roku 1626 poslán řádovým generálem do Prahy, aby jako první kancléř univerzity představoval v nejdokonalejší formě učenost jezuitského řádu. Poslední svazek jeho vrcholného díla Theologia scholastica byl dokončen v Praze. Avšak podnebí donutilo Tannera, že se po třináctiměsíčním pobytu v Praze vrátil do svého tyrolského domova. Po něm prodlel v Praze delší dobu španělský teolog Roderigo Arriaga († 1667). Těšil se takovému věhlasu, že vzniklo přísloví: „Videre Pragam et audire Arriagam . Knižním odrazem Arriagových pražských přednášek jsou jeho důvtipné Disputationes theologicae. Později v spekulativní teologii vynikli Slezan František Kolbe, Maxmilián Reichenberger, Matěj Tanner, Jan Waldt a František Kamperberger. Polemiku a kontroverzní teologii pěstovali profesoři většinou českého původu, jako známý ochránce Prahy proti Švédům roku 1648 Jiří Plachý, Jan Jahoda, Maxmilián Větrovský, Jiří Slezina, Jan Duchek a Jan Paleček. Morálce úspěšně vyučovali Ondřej Schambogen, František Komínko, Jiří Král, Jan Tobl, Jan Voračický aj. Z biblistů vynikli Karel Grobendonque, Ludvík Lišovský, Karel Vorel, Václav Aquinas, Longin John a Ferdinand Straník.
Posluchačů teologické fakulty nebylo, zvláště v prvních letech, mnoho, nejlepší z nich získávali jezuité pro svůj řád a kléru diecézního byl stále větší nedostatek. Proto arcibiskup Arnošt Harrach si založil r. 1631 vlastní seminář s teologickým ústavem a kostelem sv. Vojtěcha. Stával v místech nynějšího Obecního domu hlavního města Prahy vedle Prašné brány proti hybernskému klášteru sv. Ambrože, jehož učení mniši (Malachias Fullonus, Eduard Tyrellus aj.) v semináři vyučovali. Později se v semináři jako učitelé uplatnili i cisterciáci a premonstráti, kteří svůj dorost rovněž do semináře posílali a zřídili si pro něj v Praze internáty (Bernardinum a Norbertinum).
Významné teology měli v 17. a 18. století také dominikáni a františkáni. Pokus těchto řádů proniknout na teologickou fakultu se však nepodařil. Jezuité si svůj monopol na univerzitě nedali vzít a žádost zmíněných dvou řádů, aby pro ně byly na teologické fakultě zřízeny stolice dogmatiky, císař roku 1623 zamítl. Splnění svého přání dočkali se řeholníci-nejezuité až v 2. polovině 18. století, když se celkové poměry působením osvícenských názorů podstatně změnily.
Zatímco až do Marie Terezie (1740-1780) byla teologická fakulta ústavem ryze církevním (o svatovojtěšském semináři se to rozumělo samo sebou), byla roku 1752 zavedena instituce tzv. studijních ředitelů, kteří spolu se studijní komisí rozhodovali o fakultním studiu i o profesorském sboru. Tento úřad trval až do roku 1850 a nejznámějším ze studijních ředitelů se stal broumovský opat Štěpán Rautenstrauch, autor nového studijního řádu († 1785). Podle rozhodnutí studijní komise z roku 1760 vedle stolic pro dogmatiku, které měli na fakultě jezuité, byly na podporu vědecké soutěže a za účelem seznámení posluchačů se směrem angustinsko-tomistickým zřízeny dvě další stolice, z nichž jednu zaujal augustiniánský eremita Kosmas Schmalfuss, druhou dominikán Tomáš Göpfert. Po zrušení jezuitského řádu r. 1773 obsadili profesorská místa členové jiných řeholí a kněží diecézní. Zároveň Štěpán Rautenstrauch provedl pronikavou přestavbu teologického studia. Vymýcení „scholastické přítěže značným omezením spekulativní teologie byl sice omyl, ale větší zdůraznění Písma svatého a církevní tradice rozmnožením studia orientálních jazyků a zřízením stolic, pro patrologii a pro církevní dějiny bylo nespornou předností této úpravy. Jako samostatný obor byla zavedena teologie pastorální (s homiletikou a liturgikou), jež měla ovšem ve svých počátcích ráz čistě utilitaristický. Osudnější bylo, že na fakultu pro- nikl osvícenský a febroniánský proticírkevní duch a že i leckterý z pražských profesorů náležel do oné kategorie, kterou A. Ehrhard charakterizoval jako „nejnecírkevnější a nejduchaprázdnější generaci teologů, jakou kdy byla církev postižena . Protože v té době byl zrušen arcibiskupský seminář i všechna učiliště řeholní, dostal se do rukou oněch profesorů veškerý domácí kněžský dorost. Pro jeho výchovu byl zřízen tzv. generální seminář. Tento ústav postihl církev zvláště citelně. Sám Eduard Winter, obdivovatel osvícenské epochy, musí doznat, že v generálním semináři byli vychováváni kněží opravdu světští, nadpřirozenu zcela odcizení: „Stávali se vzornými školními inspektory a muži starajícími se o obecné blaho, nebyli však prostředníky mezi Bohem a lidmi, spíše prostředníky mezi státní správou a lidem, černými četníky. Ve svých kázáních vysvětlovali lidu význam zeleného krmení a chovu bource morušového. Za takových okolností nemohli být s novou institucí generálních seminářů spokojeni ani ti z biskupů, kteří do značné míry osvícenskému duchu propadli, a proto hned po smrti císaře Josefa II. (1790) si vyžádali jejich zrušení. Ale i potom se osvícenský duch na fakultě ještě dlouho držel. Maxmilián Millauer, profesor pastorálky a autor četných historických prací, mezi nimi také prvních dějin teologické fakulty, a Josef Dytrych (1763-1823), který napsal větší počet českých populárně náboženských spisů, byli mezi tehdejšími profesory v 1. polovině 19. století spíše výjimkou. Teprve konkordát z roku 1855 přinesl zlepšení poměrů a uvedl studium v soulad s církevními předpisy.
Jako celá univerzita měla i bohoslovecká fakulta v 2. polovině 19. století většinu studentů českého původu, protože němečtí kandidáti duchovního stavu z Čech odcházeli raději do Rakous; v studijním roce 1887-1888 studovalo v Praze teologii 208 Čechů a jenom 40 Němců. Profesoři byli většinou Němci (nejznámější z nich jsou Jan Nep. Ehrlich, Josef Schindler, Augustin Rohling, Wenzel Frind a Josef Sprinzl), ale nescházelo ani Čechů. Ústřední postavou mezi nimi byl po léta bolzanista Vincenc Náhlovský (1817-1891), který roku 1866 jako rektor virilním hlasem podporoval české požadavky na zemském sněmu. Vedle něho nejvýrazněji působil Klement Borový (1838-1897), vydavatel důležitých pramenů k starším českým církevním dějinám. Když však roku 1882 došlo k rozdělení univerzity na českou a německou, bohoslovecká fakulta zůstala ještě devět let pro obě univerzity společná. Stalo se to na přání arcibiskupa Schwarzenberga, který se obával, že čeští duchovní nebudou pak umět německy a nebude je možno posílat na německé farnosti. Teprve, když hrozilo nebezpečí, že bohoslovecká fakulta bude z univerzity vyloučena, arcibiskup Schönborn dal k rozdělení souhlas a v školním roce 1891-1892 přibyla české univerzitě fakulta bohoslovecká. Nově jmenovaní profesoři - dosud jsou dobře známá jména Jaroslav Sedláček, Jan Lad. Sýkora, Josef Pachta, Antonín Vřešťál, Eugen Kadeřávek, František X. Kryštůfek, Gabriel Pecháček; z pozdějších František Kordač - byli literárně velmi plodní a své rozsáhlé práce publikovali v Dědictví sv. Prokopa (založeno roku 1861) a v Časopise katolického duchovenstva (založen roku 1829). Studium trvalo čtyři roky a povinnými předměty byly křesťanská filosofie, fundamentální teologie, biblické studium Starého a Nového zákona se semitskými jazyky a hermeneutikou, dogmatika, morálka, církevní právo, církevní dějiny, pastorálka, katechetika a pedagogika, jako povinné se k nim druží dějiny umění a křesťanská archeologie, sociologie a od roku 1918 staroslovanský překlad Písma svatého a staroslovanská liturgie. Udělení doktorátu bohosloví předpokládalo dokončené teologické studium, čtyři dvouhodinová rigoróza a dizertační práci zastupující od roku 1873 bývalou veřejnou disputaci. Od roku 1903 bylo možno jednu z tří skupin teologických disciplín (biblické studium Starého a Nového zákona; morálka a pastorálka; církevní dějiny a právo) nahradit vědeckou prací, rigorózum z fundamentálky a dogmatiky se muselo konat v každém případě.
Neurovnané náboženské poměry po roce 1918 způsobily, že počet posluchačů fakulty silně poklesl. Od počátku třicátých let však fakulta dosáhla opět bývalého počtu 200 posluchačů a dostala také nové sídlo v novostavbě arcibiskupského semináře v Dejvicích. Jejími světly byli tehdy Vojtěch Šanda, Josef Vajs, Josef Cibulka a František Dvorník. Tehdy byl také podle konstituce Deus Scientiarum Dominus nově upraven studijní řád. Studium bylo rozšířeno na pět let, zavedeny státní zkoušky, licenciát a obhajoba vědecké práce za účelem dosažení doktorátu.
Neblahé události z podzimu roku 1939 postihly těžce bohosloveckou fakultu stejně jako ostatní vysoké školy. Dva profesoři byli odvezeni do koncentračního tábora, většina bohoslovců byla povolána na nucené práce a pro zbytek byl zřízen arcibiskupský teologický ústav se sídlem v Břežanech a s náhradními profesory. Profesoři bohoslovecké fakulty přednášet nesměli. Hned po osvobození v květnu 1945 obnovila fakulta činnost a pokračovala v ní do konce studijního roku 1949-1950.
Vysokoškolským zákonem č. 58/1950 Sb. z 18. května 1950 byla Bohoslovecká fakulta Karlovy univerzity v Praze s účinností od 3. června 1950 vyňata ze svazku University Karlovy, posléze vládním nařízením č. 112/1950 Sb. z 14. července 1950 s účinností od 26. července 1950 bylo její jméno změněno na "Římskokatolická cyrilometodějská bohoslovecká fakulta v Praze", její statuta byla opakovaně deformována. V roce 1953 pak byla vystěhována do Litoměřic. Opětnou inkorporací do University Karlovy v Praze na základě zákona č. 163/1990 Sb. z 3. května 1990 s účinností od 10. května 1990 a návratem do Prahy se začaly psát, jak doufáme, opět světlejší strany její starobylé historie.
Prof. ThDr. Jaroslav Kadlec