Jako první zmínku o tomto městě lze považovat rok 1282. Předpokládá se ale, že obec vznikla již někdy kolem roku 1260 a to jako tvrz a vesnice okolo zlatonosné řeky Blanice. Ta městem také protéká. Kam paměti sahají, nepatřilo město nikdy soukromým osobám, nýbrž byl odedávna zbožím královským. Během vlády Karla IV. a Václava IV. spravovali obec jen vlastní správci. V roce 1562 mění obec majitele, když je prodána Ferdinandem I. Jáchymovi z Hradce, který ji držel po 40 let. V této době také byla severovýchodně od Protivína založena správcem Zelendarem soustava rybníků . V roce 1598 Protivín získali bratři Kryštof Vratislav a Jiří z Mitrovic. Tehdy Protivín obsahoval 16 vesnic. městečko s tvrzí, pivovarem, mlýnem, pilou atd. Po vystřídání celé řady majitelů přešel majetek v roce 1711 do rukou Adama Františka knížete ze Schwarzenberka“ 

19. století znamenalo pro obec dobu rozkvětu, během níž došlo k jejímu značnému rozvoji. Po uzavření cukrovaru se ale začala zvyšovat nezaměstnanost, což vedlo k vlně vystěhovalectví jak do okolních oblastí, tak i do vzdáleného USA, kde ve státě IOWA  založili protivínští  přistěhovalci kolem roku 1855 i stejnojmennou osadu Protivín. V srpnu roku 1899 byla pak obec Protivín povýšena na město. V současné době má Protivín s připojenými obcemi asi 5 tisíc obyvatel.

Celá zástavba Protivína je soustředěna kolem jedné dlouhé ulice táhnoucí se od železničního nádraží Protivín přes náměstí až k železniční zastávce Protivín-zastávka. Na konci náměstí stojí zámek v renesančním stylu, který byl kdysi zařízen pro letní hosty. Nyní je v majetku Obvodního úřadu Praha 4. Přilehlý park má rozlohu 7,6 ha a roste v něm 20 druhů vzácných dřevin.

Město je známo především díky pivu, jež se vaří v místním pivovaru založeném v roce 1598. Jedná se o značku Platan, kterou vaří Městský pivovar Platan s. r. o. Svůj název pivovar získal od dvojí aleje platanů, jež vede k jeho bráně.