První osídlování katastrálního území Jemníky je poplatné vývoji širokého okolí Kladenska a celých středních Čech. Nížinná a mírně zvlněná krajina širšího regionu zájmového území byla vyhledávána již prvními skupinami pralidí.   Vyskytují se nálezy o staropaleolitském osídlení. Trvalé osídlení lze pak sledovat od neolitu. Jedná se o jevišovicko-řivnačskou kulturu a dále kultury šňůrové keramiky a zvoncovitých pohárů. Počátkem 2. tisíciletí př.n.l. se ve střední Evropě a také naší oblasti začala šířit výroba bronzu a s ním spojena tzv. unětická kultura, která dosáhla vysoké úrovně při zpracování bronzu, hrnčířství a tkalcovství. Po příchodu silné skupiny pastevců tzv. mohylové kultury a jejich smíšením se zformovala svérázná kultura knovízská s hustou sítí osad kolem. 

Po roce 400 př.n.l. ovládli území mezi Prahou, Slaným a Rakovníkem bojovní Keltové. Území hustě osídlili a přinesli pokročilé výrobní způsoby, vyspělou tavbu železa. Jejich nářadí, zbraně, šperky i umělecké výrobky vykazují silný vliv antických kultur.  Invaze germánských kmenů v 1. století n.l. byla nepodstatná. V 5. století nastala invaze slovanských kmenů, kteří splynuli s domácím obyvatelstvem a vtiskli jeho kultuře vlastní ráz. Zájmové území včetně širokého regionu ovládl silný slovanský kmen Čechů. Postupně došlo k vytvoření nových společenských prvků, které vedly k utváření feudálních vztahů.  

Koncem 9. století již českému kmeni vládli knížata z pevných hradišť (Budeč, Levý Hradec). Po vstupu Slovanů (5. stol.) se utvářely feudální vztahy a ve . století vznikají zemědělské a trhové obce, u hlavních cest pak města. Do uvedeného období (asi polovina 13. stol.) náleží vznik zemědělských obcí, které si svůj zemědělský charakter zachovaly v zásadě dodnes. Podle historické archeologie, provádějící výzkum hmotné kultury zemědělských osad Kladenska, je obec Jemníky připomínána v roce 1228, kdy za Přemysla Otakara I. (1198 - 1230) jsou Jemníky vedeny v majetku svatojiřského kláštera v Praze na Pražském hradě. 

Kolonizační proces, probíhající od 12. do 14. století, znamenal i pro region postupné osídlování dalších ploch jeho území, postupující do vyšších zalesněných oblastí. Region v této době získal svoji dosud trvající podobu, kulturní krajiny s hustou sítí vesnic a městeček, seskupených zpravidla kolem důležitých obchodních cest a sakrálních staveb, jejichž původní gotická, později renesanční architektura se většinou zachovala v klenutých kněžištích zbarokizovaných chrámů.  Do tohoto období již náleží v Jemnické oblasti první objevy uhlí. Se vznikem dolování zřejmě souvisí i název obce Jemníky jižně od Slaného v blízkosti výchozu Kounovské sloje. Obvod jamnický (jemnický) značil kraj, v němž byly jámy, ve kterých se dolovalo. K obvodu, či újezdu jamnickému (hornickému) patřily obce: Jemníky, Podlešín, Pchery, Humny, Libušín a Vinařice. Tento obvod se všemi svobodami, zejména hornickými, získal v letech 1238 až 1253 Ojíř z Freidbergu, který žil na dvoře krále Václava I. Po Ojířově smrti připadl obvod jemnický králi Přemyslu Otakaru II., který ho v roce 1287 propůjčil benediktinskému klášteru sv. Jana na Ostrově a Skalkách (ke kostelu sv. Gottharda ve Slaném - sídlo probošství).

Od roku 1514 se stali páni Martinicové na Smečně dědičnými majiteli těchto obcí. Od roku 1536 patřily Jemníky V.Bořitovi z Martinic na Okoři a byly přiděleny jeho statku ve Studeněvsi. Od 16. století v obci fungoval mlýn Družeckých. Od roku 1612 byl vlastníkem Jaroslav Bořita z Martinic a opět je připojil ke Smečnu. Roku 1785 mely Jemníky 18 obytných domů. V majetku Bořitů z Martinic a později Clam-Martiniců zůstaly Jemníky až do roku 1848. 

Zásadní změnu v politické mapě přinesla tragická porážka povstání českých stavů proti panujícím Habsburkům na Bílé Hoře (1620) a následující třicetiletá válka, jejímž důsledkem bylo zpustošení a vylidnění celého kraje. Pobělohorská doba vynesla do popředí několik šlechtických rodů, jejichž rozsáhlá dominia nahradila dřívější rozdrobenost rytířských statků. V období 15. až 17. století se již nadále na území Jemníky dolovalo uhlí, které zatím nenabývalo intenzity, ale účelové doly s minimálním výkonem stále prosperovaly. K vyššímu zájmu o uhlí dochází od počátku 19. století.  Roku 1882 byla vybudována železniční trať Zvoleněves - Kladno, se zastávkou v Jemníkách, bohužel roku 1978 byl provoz zrušen bez plnohodnotné náhrady spoje. 

Od 50. let 19. století rostly rychle i obce přilehlé ke Kladnu a současně také vesnice v blízkosti nových dolů se měnily v rozsáhlé dělnické osady. Mezi tyto vesnice patřila i obec Jemníky. Rozvoj hornictví na katastrálním území byl dán vybudováním celé řady uhelných dolů, kterým vévodil Důl Humboldt. V roce 1900 měla obec 44 obytných domů, do roku 1939 stoupl počet na 90. Vesnice byla přifařena k pcherskému kostelu sv. Štěpána. Škola byla ve Pcherách, pošta ve Slaném.  Katastr obce se nachází na území, které je z hlediska archeologického velmi exponované. Celé území obce je z archeologického hlediska ke své důležitosti a časovému rozptylu zařazeno mezi významná území s archeologickými nálezy.