Poprvé obec zmiňována v historických pramenech roku 1318. Samotný název obce pak pravděpodobně pochází od jména Zdíka z Janovic, který byl purkrabím na Vimperku.

Mezi významné budovy v obci patří zámek. Na místě toho dnešního stávala před tím kamenná tvrz. Posledním držitelem zdíkovského panství byl pak rod Thun-Hohensteinů, který v letech 1865 – 1868 dal budovu zámku rozšířit a přestavět v novogotickém stylu. Dnes zámek slouží především jako hotel.

Další pamětihodností v obci je kostel sv. Ludmily, který byl vystavěn v letech 1921-1923 a vysvěcen byl 28. 10. 1923. Oltář sv. Ludmily a sv. Václava je od J. Hubsche z roku 1922. Dále je to kaple „U Lizu“ a Schwarzenberský pivovar (č. p. 148), ve kterém se tehdy vařilo 5 000 hl piva. Pivovar byl zrušen v roce 1911, nyní je z něj bytový dům.  

Významnými osobnostmi obce byli:  

Tonner Emanuel (1829-1900) - český politik a pedagog. Spolupracovník Miroslava Tyrše a Jindřicha Fugnera. Při založení Tělocvičné jednoty pražské v roce 1862 navrhl její název „Sokol“ a sokolský pozdrav „ Na zdar“.  

Woldřich Jan Nepomuk (1834-1906) - český geolog a paleontolog, profesor Karlo- Ferdinandovy univerzity v Praze. Zasloužil se o poznání jižních Čech z hlediska geologického, paleontologického a archeologického. Stěžejní dílo tohoto osvíceného vědce: „Všeobecná geologie se zvláštním těžištěm k zemím Koruny České“. Na jeho popud vznikl dne  2. září 1877 první „Okrašlovací spolek“ na Prachaticku v té době. Pamětní deska na domě ve Zdíkově č. p. 168.  

Polata Karel (1915-1974) - hudebník, kapelník a skladatel. Upravoval skladby neznámých autorů. Umělecký vedoucí „Starošumavské dechové hudby ze Sušice“. Pamětní deska na domě ve Zdíkově č. p. 165.   Lopatka Jan (1940-1993) - literární kritik, editor, publicista, signatář Charty 77. Byl editorem literárních spisů Václava Havla.