Obec Horní Loděnice leží vysoko v horách Nízkého Jeseníku při starodávné komunikaci spojující Moravu se Slezskem. Počátky vesnice souvisejí s kolonizací do té doby neosídleného zeměpanského pralesa ve 13. století, jejímž iniciátorem byl zpočátku klášter Hradisko u Olomouce.

Ves, poprvé v písemných pramenech připomínaná roku 1296, se záhy stala předmětem sporů mezi klášterem a pány ze Šternberka, kteří v tomto kraji systematicky budovali své dominium.

V průběhu 14. století byla Horní Loděnice trvale připojena ke šternberskému panství, jehož součástí zůstala až do roku 1850. Hlavním motivem kolonizační aktivity, který vedl pravděpodobně k založení osady, byly kovy, které se nalézaly v hlubinách jesenických hor. Vydatná naleziště železné rudy byla v Horní Loděnici využívána od středověku až do 2. poloviny 19. století. Páni ze Šternberka přivedli do hor německé kolonisty znalé vyhledávání a dobývání rud.

Hornická kolonizace kraje, jehož centrem se stalo město Moravský Beroun, byla zřejmě hlavní příčinou germanizace Horní Loděnice, která byla dovršena snad již koncem 15. století.

V 16. století poznamenala výrazně osudy obce německá reformace. Sídlem evangelických pastorů se stala i loděnická fara, poprvé připomínaná v polovině 16. století. Ani porážka stavovského povstání a vyhnání luterských predikantů v roce 1625 nevymýtily z vědomí prostých venkovanů Lutherovo učení. Teprve násilná protireformace, formálně završená kolem roku 1660, dokázala za pomoci vojska a jezuitských misií zlomit odpor skrytých protestantů. Centrem katolické duchovní správy se stala fara v Moravském Berouně.

V letech 1670-1672 byl ve vsi obnoven filiální dřevěný kostelík Panny Marie. Na jeho místě vznikla roku 1756 zděná stavba, V roce 1784 je v Horní Loděnici zřízena lokální kuracie při přestavěném a roku 1787 nově vysvěceném kostele sv. Izidora.

V roce 1843 byla obnovena samostatná fara. Poddolovaný kostel musel být roku 1858 uzavřen, teprve roku 1887 byla provedena jeho celková přestavba. V rámci josefínských reforem byl v roce 1784 rozparcelován Nový dvůr u Horní Loděnice a na jeho místě založena osada Nové Dvorce. Tato samostatná obec se v roce 1949 stala součástí Horní Loděnice. Život vesnice významně ovlivňovala komunikace směřující od Šternberka k Moravskému Berounu.

Jedna z hlavních spojnic mezi Moravou a Slezskem je pravděpodobně totožná s tzv. rudnou cestou, připomínanou již k roku 1269. V roce 1752 byla přestavěna na tzv. poštovní silnici a v roce 1790 na císařskou silnici. V letech 1842-1846 byla mezi Šternberkem, Horní Loděnicí, Dětřichovem nad Bystřicí a Bruntálem vybudována tzv. říšská silnice jako hlavní spojnice mezi Moravou a Pruským Slezskem. Následkem revolučních událostí roku 1848 bylo zrušeno poddanství a zaniklo šternberské panství.

Od roku 1850 byla Horní Loděnice samostatnou obcí politického a soudního okresu Šternberk. Hospodářský vývoj vesnice byl poznamenán úpadkem domáckého tkalcovství a zánikem hornictví v roce 1876. Většina obývátel vesnice zůstala až do nejnovější doby odkázána na málo výnosné horské zemědělství.

V roce 1918 se také místní německé obyvatelstvo postavilo proti začlenění své obce do nového československého státu a přihlásilo se k tzv. provincii Sudetenland v rámci Německého Rakouska. Teprve mocenským zásahem byla obec připojena k Československé republice.

Občané Horní Loděnice se zúčastnili i krvavé protestní demonstrace dne 4. 3. 1919 ve Šternberku. Postupné sžívání se s novým státem přerušila velká hospodářská krize třicátých let a nástup iredentistické Sudetoněmecké strany, která v letech 1935-1938 obec zcela ovládla.

Dne 9. října 1938 byla Horní Loděnice připojena k Třetí říši. Po osvobození dne 5. května 1945 byla odsunuta většina německého obyvatelstva a vesnici postupně zabydleli čeští osídlenci.

Poválečná obnova obce dostala nový směr po únoru 1948. V roce 1950 byla většina zemědělské půdy dána do správy státnímu statku. V roce 1960 se stala Horní Loděnice součástí okresu Olomouc. V roce 1979 byla obec připojena k městu Šternberku, v roce 1992 vsak znovu obnovila svou samostatnost a plnou obecní samosprávu.