Dobrá Voda se svojí moderní a přehlednou uliční sítí vznikala pozvolna a živelně teprve v průběhu posledních staletí. Ještě ve středověku se v místech nynější Dobré Vody nenacházelo žádné osídlení, jen polnosti vlastněné většinou sedláky z okolních vesnic Suchého Vrbného, Hlinska a Pohůrky. První proměnu a usedlíky přineslo dolování stříbra ve druhé polovině 16. a počátkem 17. století. Roku 1555 zde byla zaražena štola Svatý Václav, následovala díla Dům rakouský (později přejmenované na Svatá Anna) a Svatý Šebestián. Výtěžek však trvale nenaplňoval očekávání, až dolování nakonec roku 1635 nadlouho ustalo.

Zatím se do okolí šířila povědomost o léčivých účincích vody ze zdejšího minerálního pramene. V letech 1677 až 1678 zde také město zřídilo nevelké lázně, které, roku 1720 rozšířené, po následujících sto let provozovalo, než je roku 1779 odkoupil soukromník Antonín Graf. Mezitím kolem lázní a poutního kostela zvolna přibývalo domů a vznikající osada začala být označována U dobré vody či Dobrá voda (v podobě Dobrawoda je název doložen k roku 1720). Na sklonku 60. let 18. století zde znovu ožilo dobývání stříbra a zlata, zpočátku iniciativou soukromých těžařstev. Byly obnoveny práce na dílech Šebestián (přejmenovaném na Barboru), Václav a Anna, nově zaraženy štoly Mauricius a Ondřej.

V roce 1778 získal většinový podíl na těžbě stát, což přineslo lepší technické vybavení, vznikl též další důl Leopold a na Dobrou Vodu v roce 1784 přesídlil horní úřad z Rudolfova. Dlouhodobě však byla těžba opět ztrátová (výnos nedosahoval ani 2/3 vynaložených nákladů), a tak byly s rokem 1809 veškeré práce v dolech zastaveny. Pokusy o obnovení těžby drahých kovů do třetice byly v menším rozsahu činěny ještě od roku 1893, vedly ale též ke krachu.

Počátkem 19. století už byla Dobrá Voda vesnicí s několika desítkami domů a vlastní duchovní správou (1777 při kostele usídlen kaplan, 1786 zřízena lokálie, 1858 povýšena na farnost). Po zrušení poddanství ke královskému městu České Budějovice se roku 1850 Dobrá Voda stala součástí obce Mladé, od níž se pak osamostatnila po roce 1902. Význam vsi, coby střediska lázeňství postupem času upadal, Dobrá Voda se však stala oblíbeným výletním místem pro českobudějovické měšťany, někteří zámožnější si ve zdejším příjemném prostředí počátkem 20. století nechali postavit vily. Obec, v 19. století ještě převážně německá, se na přelomu století přílivem nových obyvatel rychle počešťovala; při sčítání roku 1910 tak představovali Češi 2/3 obyvatel, v roce 1930 přes 9/10. S počátkem roku