Ves Zaječice je poprvé zmiňována kolem roku 1319 v souvislosti s pohnáním Přibíka ze Zaječic k zemskému soudu pro krádež. Roku 1385 připadá jako odúmrť po Markétě, manželce Kuneše z Újezda králi Václavovi IV a od roku 1397 náleží holické větvi pánů ze Šternberka, připomínanými zde do roku 1473. Poslední majitel pocházející z tohoto rodu Jan ze Šternberka patřil mezi blízké přátele krále Jiřího z Poděbrad. Doprovázel ho na jeho vojenských výpravách a existuje po něm zmínka z roku 1451 v souvislosti s jednotou Poděbradskou. Z tohoto období pochází rovněž podpis Všecha ze Zaječic pod zápisem o mír zemský na sněmu v Čáslavi r. 1440. Před rokem 1480 se Zaječice spolu s dalšími dvěma vesnicemi stávají majetkem chrudimského měšťana Viktorina z Kunčí, pozdějšího promátora města Chrudimě, znalce hospodářského práva a jednoho z velitelů zemské hotovosti, stavěné proti vojskům krále Matyáše Korbona opatřením zemského sněmu z roku 1470. Jeho syn Jan z Kunčí či Zaječický, přítel právníka a spisovatele Viktorina Kornela ze Všehrd, vážený rádce obcí i pánů, jež sám napsal několik spisů, vlastnil zaječický majetek od roku 1490. Po roce 1521 se Zaječice staly součástí žumbereckého panství pánů Janovských ze soužíc a z roku 1529 pochází první písemná zmínka o tvrzi, i když její existenci lze předpokládat již ve 14.století.   V té době ves ještě spolu se Smrčkem, Libanicemi a Svidnicí patří Petrovi Janovskému ze Soužíc a na Zaječicích, který je roku 1545 spolu s Divišem Slaratou z Chlumu zmiňován jako hejtman kraje. Poté tvrz spolu s příslušenstvím přechází sňatkem na rod Robmhápů ze Suché a roku 1580 Václav Robmháp dělí ves Zaječice na dva samostatné díly mezi své sestry. Syn Markéty, která vlastnila část s tvrzí – Jan Jiří Myška ze Žlutic, přichází o majetek roku 1623, neboť jako účastník vzpoury českých stavů stál na straně poražených. Konfiskát získal roku 1625 Jan Weber z Pisenbeeergu za 10.266 kop míšeňských. Jeho dcera Kateřina prodává zaječické a chroustovické zboží roku 1655 Karlovi Ferdinandovi, hraběti z Valdštejna, který jí však majetek vrací pro nezaplacení trhové smlouvy roku 1661 a tak ze soupisu provedeného 10.5. 1661 úředníky zemských desek známe popis tvrze, z něhož je zřejmé, že již ztratila svůj původní význam. Po provedení soupisu prodává Kateřina svůj díl zaječického majetku Marii Maxmiliáně Zárubové ze Žumberka, od níž ho za 20.000 zlatých rýnských kupuje roku 1685 Lambert František Hřebenáč z Harrachu, držitel druhého dílu Zaječic. V této době je již v písemnostech zmiňován pouze dvůr, nikoli tvrz, pravděpodobně zpustlá. Druhá část vsi připadla při dělení roku 1580 Eufenii, která zde se svým manželem Kryštofem Myškou ze Žlunic založila dvůr a tvrz, připomínanou poprvé roku 1607 jako majetek Petra Kryštofa Kapouna ze Svojkova, odsouzeného po bitvě na Bílé hoře k pokutě za účast ve stavovském povstání. Roku 1681se tento díl stává vlastnictvím Františka Lamberta Hřebenáče z Harrachu, který obě části spojuje a roku 1685 zaječický statek, sestávající z 15 vesnic prodává Augustinovi Norbertovi Voračickému z Paběnic, od něhož ho kupuje za 62.000 rýnských zlatých Josef František hrabě ze Schõnfeldu a připojuje ho roku 1697 k nasavrckému panství. V roce 1755 je i druhá tvrz zmiňována jako z velké části neobydlená a zpustlá. V té době již patří nasavrcké panství knížatům z Auersperga, kteří ho již drží až do zániku c. a k. monarchie roku 1918. V roce 1925 po I. pozemkové reformě byl zaječický dvůr zrušen, rozparcelován a sídlo zprávy stojící v místě, kde možná  kdysi bývala druhá tvrz, připadlo obci a v současné době je zde sídlo Obecného úřadu Zaječice. První tvrz se zachovala ve formě budovy č.p. 64, na jejímž západním průčelí jsou zachovány zbytky pozdně gotických okenních ostění a v interiéru pak zbytek pozdně gotické klenby. V současné době je tento objekt v soukromém vlastnictví a je obýván.