Nejstarší zpráva o Stonařovu pochází z roku 1347. Vznik obce však spadá již do konce 12. století. Do půdorysné osnovy Stonařova, kterým protéká Jihlávka, se promítá náměstí, dnes zčásti zastavěné, dříve tržiště městečka, o kterém je první zmínka v roce 1365. Náměstí má tvar protáhlého, směrem k východu zužujícího se obdélníka, ke kterému směřují dvě dopravní osy. První vede ve směru od Jihlavy ke Znojmu a protíná druhou vedoucí od Brtnice k Třešti. Při nich a kolem tržiště nejdříve vyrostla zástavba vyznačující se architektonicky jednoduchými tvary. V poslední době již domy od překotného dopravního ruchu ustupují.

V době předhusitské a po ní byl Stonařov majetkem venkovské šlechty. Poslední majitelé jej v roce 1530 prodali se vším příslušenstvím městu Jihlavě. V rámci jihlavského panství se městečko nerozvinulo a zůstal mu charakter větší zemedělské obce s náběhy k řemeslné výrobě. Udrželo si však význam dopravní, a to zvláště po přeložení hlavní obchodní silnice z Vídně do Prahy ve směru přes Stonařov v roce 1750.

Císařem Josefem II. bylo Stonařovu uděleno trhovní privilegium v roce 1872 na konání výročních, dobytčích a týdenních trhů. K pozoruhodným událostem ze starší historie obce patří poddanské rebelie z let 1712 - 1722, otevření nové císařské poštovní trasy spojující Vídeň s Prahou přes Znojmo, Moravské Budějovice, Želetavu, Stonařov a Jihlavu dne 1. 7. 1750 (Ve všech místech, tedy i ve Stonařově, proběhlo ve stejný den slavnostní otevření poštovní stanice s přepřaháním.) a světoznámý pád meteoritů v roce 1808. V roce 1850, v době největšího populačního růstu, zde žilo 2009 obyvatel. Roku 1367 za Karla IV. je Stonařov povýšen na městys.