Osídlení lokality obce sahá hluboko do pravěku - archeologickými nálezy (pazourkovitých nástrojů) doložené nejstarší osídlení je datováno zhruba pěti tisíci léty před naším letopočtem. Také o osídlení v pozdější době (neolit) v lokalitě Mohelna svědčí četné nálezy keramiky a kamenných nástrojů. Osídlení v době železné (halštat) dosvědčují nálezy (keramika, bronzové a železné předměty) z pohřebních mohyl, od nichž je odvozen i samotný název obce. Největší mohyla se nachází na jižním okraji obce na pastvinaté části hadcové stepi. Na mohyle jsou boží muka nazývaná sv. Antoníček.

Pravděpodobně již ve 12. století se ve zdejší slovanské osadě nacházelo opevněné místo - zárodek pozdějšího zeměpanského dvorce či tvrze. V letech 1237-1349 sídlil v Mohelně královsky purkrabí a byly zde rovněž župní úřady. Po předání královského majetku do šlechtických rukou markrabětem Jindřichem v roce 1368 se majitelé Mohelna poměrně často střídali. Za vlastnictví obce Petrem z Mohelna byl v roce 1417 králem Zikmundem udělen Mohelnu znak, který užívá dosud. Za husitských válek bylo Mohelno vypleněno a tvrz zničena. Z této doby zřejmě pocházejí tzv. lochy - rozsáhlé rozvětvené sklepy pod řadou domů, které sloužily jako útočiště obyvatel v neklidných válečných dobách. Od roku 1527 se Mohelno stalo součástí náměšťského panství.