První osídlení v okolí Popůvek lze předpokládat již v paleolitu a mladším neolitu. Toto tvrzení dokládají nálezy Františka a Milana Vokáče v blízkosti osady Sedlecký Dvůr v nedaleké trati ,, Na Díle" a ,, Beranovo". Početný archeologický soubor byl shromážděn místními obyvateli Vladimírou Žákovou a Marcelem Lengyelem v letech 2009- 2012. Jejich nálezy - povrchové sběry - dokazují pravěké osídlení Popůvek, které bylo bohatší, než se dosud předpokládalo. Nejpočetnější složkou jejich sběrů byla štípaná kamenná industrie z rohovce z prostoru Krumlovského lesa vzdáleného od lokality 23 km. V rámci kolekce z Popůvek bylo nejvíce nalezených nástrojů, hlavně různé typy škrabadel. Povrchovými sběry v okolí Popůvek byla posunuta hranice bohatého pravěkého osídlení v Českomoravské vrchovině. Byly zde prokázány komponenty z mladého a pozdního paleolitu a mladého neolitu.

První písemné zmínky o založení vesnice Popovici, později Popovice, dnes Popůvky, se datují do první poloviny 12. století benediktinským klášterem v Třebíči. V držení kláštera byly Popovice až do roku 1304, kdy byly hordami Kumánů vypáleny a zcela zničeny. Do roku 1371 byla vesnice nově zřízena, osazena a dostala jméno Popůvky. Roku 1556 připadla k panství náměšťskému, s nímž sdílela stejné osudy až do zrušení poddanství roku 1848. Roku 1567 dostal věnem část panství náměšťského, do něhož patřily i Popůvky, Bedřich ze Žerotína. V roce 1753 se svolením císařovny Marie Terezie připadlo náměšťské panství hrabatům Haugvicům. Obec byla do roku 1919 součástí obce Sedlec, mezi lety 1949 a 1960 byla obec začleněna do okresu Velká Bíteš